1. 기본(인적)공제 (소득세법 제50조 제1항)
현행 소득세법에 따르면 근로소득자는 생계를 같이하는 배우자 및 부양가족의 연간 소득금액이
100만원 이하일 경우, 이들 배우자 및 부양가족에 대해서도 기본공제를 받을 수 있음
 
 
- 예를 들어 배우자가 직장에서 연 500만원의 급여를 받은 경우 '근로소득공제액(400만원)'을 빼면 연간 소득금액이 100만원이 되기 때문에, 공제를 받을 수 있으나 연봉이 500만원을 넘게 되면 기본공제를 받지 못함
- 또 배우자가 보험설계사 등 사업자일 경우에는 1년간 수입금액에서 필요경비를 뺀 금액이 소득금액이 되는데, 2008년 기준 사업자별로 연간 소득금액 100만원에 해당하는 수입금액은 학원강사 248만원, 학습지교사 440만원, 보험설계사 490만원, 택시기사 877만원, 소규모 잡화점(구멍가게) 1428만원 등 임
 
사업자별 소득금액 100만원에 해당하는 총수입액
업체 2008년 단순경비율 소득금액 100만원에 해당하는 총수입액
학원강사 59.7% 2,481,390원
학습지교사 77.3% 4,405,287원
보험설계사 79.6% 4,901,961원
택시기사 88.6% 8,771,930원
분식점, 식당 89.5% 9,523,809원
구멍가게 93% 14,285,715원
 
그러나 대부분의 납세자들은 ‘연간 소득금액 100만원’을 단순히 총급여 또는 수입금액으로 잘 못 알고 있으며, 또한 단순경비율을 적용시켜 산출하는 필요경비 개념도 복잡하고 어려워 정확히 알지 못 하는 것이 현실임
 
 
- 특히 배우자가 학습지교사, 보험설계사 등 사업소득이 있긴 하지만 간간히 일하며 번 돈이 소득금액 100만원 기준을 넘은 것을 모르고 소득공제를 신청하는 경우가 많고, 이 경우 자신도 모르는 사이에 부당공제신청자로 등록되어 미달 납부한 세액 및 가산세(“산출세액×(과소신고한 과세표준상당액/과세표준)×10%”에 해당하는 과소신고가산세와 “과소납부세액×3/10000×일수”에 해당하는 납부불성실가산세)까지 납부해야 함.
- 특히 매우자의 소득금액이 100만원을 초과할 경우 배우자 명의 신용카드사용액 및 보험료, 교육비, 기부금도 공제받을 수 없어 위의 지출액에 대한 신청이 있는 경우 가산세부담이 증가됨
 
2. 보험료 공제 (소득세법 제52조 제1항 제2호)
근로소득자는 본인 및 기본공제 대상자를 위해 지출한 보장성보험료가 연 100만원 이하일 경우 이를 근로소득에서 공제받을 수 있음
 
 
- 그런데 대부분의 근로자들이 본인 및 부양가족의 노후 및 각종 사고, 질병에 대비해 지출하는 보장성 보험료는 수백만 원을 상회하고 있음

그러나 현행 소득공제 한도액 100만원은 지난 2002년 12월 개정 이후 변동이 없는 것으로 근로자 및 부양가족이 1년 동안 지출하는 보험료에 크게 못 미치는 수준임
 
 
- 근로자들은 배우자, 자녀 등 부양가족이 있을 경우 평균적으로 월 20만원 (연 240만원)정도를 보험료로 지출하는데, 이 경우 연 100만원 기준을 초과해 공제 받을 수 없는 것 임
 
3. 의료비 공제 (소득세법 제52조 제1항 제3호)

근로소득자가 본인 및 부양가족을 위해 지출한 의료비가 연봉의 3%를 초과할 경우, 그 초과한 부분에 대한 금액을 근로소득에서 공제 받을 수 있음
 
 
- 그러나 연봉 4000만원의 근로자가 의료비공제를 받으려면 한 해 의료비 지출이 연봉의 3%인 120만원을 초과해야 하지만 본인 또는 부양가족이 큰 수술(치료)를 받지 않은 한 120만원을 넘기기는 어려우며,
- 그나마 3% 최저한도를 넘어도, 초과한 부분에 대해서만 소득공제가 되므로 엄청난 수술비와 치료비에 비하면 실제 공제액은 얼마 되지 않음
※ 이러한 연말정산 소득공제의 불합리성을 시정하고자, 소득세법 제50조(기본공제) 및 제52조(특별공제) 관련 조항을 개정하는 작업을 거쳐 대표발의 할 예정임
 
[기획재정부 장관 대상 질의]
지난 9월 국세청이 ‘부당공제 적발 시스템’을 통해 적발한 연말정산 부당소득 공제자 10만 명 중에는 세법 상 ‘연간 소득금액 100만원’의미를 잘 몰라서 배우자의 소득을 정확하게 파악하지 못한 경우가 많았습니다.
 
- 또한 보험료 공제를 받기위한 연 100만원 기준이나 연봉의 3%를 초과해야하는 의료비 공제 기준은 물가상승률과 일반 근로자들의 생활 현실을 반영하지 못하고 있습니다.
- 이러한 세법상 어려운 개념과 불합리한 소득공제 기준으로 인해 납세자들은 세금 내는 것에 대해 부정적으로 생각하고, 성실한 납세자들이 잠재적 탈세자가 되기도 합니다.
- 이명박 대통령은 후보시절부터 이러한 복잡하고 불합리한 세법문제를 지적하고 세제 간소화 의지를 밝힌 바 있는 데,
이에 대한 장관님의 견해는 무엇입니까?
 
[국세청장 대상 질의]
청장님, 소득금액은 종합소득세 신고납부가 마무리되는 5월이 돼야 확정됩니다.
또 기본공제를 받기위한 부양가족의 소득금액을 계산하기 위해 적용되는 단순경비율은 매년 3~4월에 최대 2.5%p까지 변동됩니다.
 
- 그런데 국세청은 1월에 연말정산을 하면서 부양가족 소득금액을 정확하게 신고하라고 하는데, 이 시점에 부양가족 소득금액이 100만원이 넘는지 알 수 없는 것입니다.
- 이러한 모순을 해소하기 위해서는 최소 5월 종합소득세 신고기한 내에 근로소득자가 스스로 바로 잡을 수 있도록 자기시정신고 등과 같은 개선 방안을 마련해야 한다고 생각하는데,
국세청장은 납세자를 위해서 어떻게 자기시정 기회를 주실 겁니까?