자동차세는 10만원 이하(경차)인 경우에는 1년치가 6개월중에 고지되고, 10만원 이상인 경우 6월과 12월 2차례로 나누어 부과되는데 만약 자동차세를 몰아서 1월에 한번만 내도록 선납신청 납부하면 10%가 할인된다.

자동차세를 연납하려면 차량등록지 관할 지방자치단체(구청, 시청, 군청)에 전화 또는 직접 방문하여 선납고지서를 신청하면 된다. 선납신청하고 1.16~1.31일 사이에 납부하면 된다. 6월분 자동차세 고지서를 받고, 6월에 하반기분을 선납하는 경우에는 6월분은 그대로 내고 하반기 자동차세 선납고지서를 다시 받아 6.16~6.30일 사이에 납부하면 된다.

선납을 전화로 신청하고 고지서를 우편으로 받는 경우에는 23일까지, 직접 방문하여 신청할 경우에는 말일까지 가능하며 서울에선 1월 16일부터 인터넷(etax.seoul.go.kr)으로 신청 및 납부 할 수 있다(공인인증서 필요). 자동차세는 카드로 납부해도 되지만 서울에서는 삼성카드와 LG카드, 현대, 롯데, 경기도에서는 LG카드만 사용가능하다. 서울의 경우에는 일시납인 경우에는 카드수수료 부담이 없으며, 지역별로 카드납부가 가능한 카드회사가 다르므로 확인이 필요하며, 일부지방은 선납시에는 카드납부가 안된다. 자동차세 카드납부는 연말정산 때 신용카드공제에서 제외된다.

작년에 선납신청한 사람은 올해 다시 선납 신청을 안해도 1월에 고지서 보내주고 있다. 이 때 세금을 납부치 않아도 가산세는 없고 6월, 12월 정기분 부과때 납부하면 된다.

선납후 자동차를 연내에 양도할 경우에 별도의 환급신청이 없이 건설교통부에서 1-3월분 양도는 5월경에 지자체에 통보되어 기간 정산 환급된다. 빨리 환급받기를 원하는 사람은 전화로 환급신청하면 된다. 폐차(말소)의 경우에도 별도의 신청없이 자동 환급이 된다. 타 시군구로 전출한 경우에도 기 납부한 자동차세는 다시 납부할 필요가 없다.