한국납세자연맹

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연말정산

소득·세액공제 해설

투자조합출자등소득공제

1. 공제대상

2025.12.31.까지 거주자 본인이 아래 중소기업창업투자조합 등에 출자 또는 투자하는 경우
개인이 직접 또는 개인투자조합을 통해 벤처기업 등에 출자 또는 투자하는 경우
≫ 설립시 출자하거나 유상증자에 참여하는 경우에는 공제 가능하나, 제3자로부터 양수하거나 무상증자 받은 경우에는 공제 안 됨

[ 투자조합 등의 범위]
① 중소기업창업투자, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합 또는 부품·소재전문투자조합에 출자한 금액
② 일정요건을 갖춘 벤처기업증권투자신탁의 수익증권에 투자한 금액 : 신탁계약기간 5년이상이고 통장에 의하여 거래되며, 신탁설정일로부터 6월이내에 신탁재산의 50%이상을 벤처기업에 투자하여 운용하는 것
③ 벤처기업육성에관한특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합(개인투자조합 일명 “엔젤투자조합”)에 출자한 금액을 조합이 출자일의 다음 과세기간말까지 벤처기업에 투자한 경우 다음과 같이 계산한 투자금액

④ 벤처기업에 투자하는 경우
⑤ 창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구(PEF)에 투자하는 경우(2017년 이후)
⑥ 법 소정 중소기업 등에 투자하는 경우(2018년 이후)

2. 공제금액 및 공제한도

구 분

공제금액

공제한도

중소기업창업투자, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합
또는 부품·소재전문투자조합에 출자

출자ㆍ투자액의 10%

종합소득금액의50%

벤처기업증권투자신탁의
수익증권에 투자

창업ㆍ벤처전문 경영참여형 사모집합투자기구(PEF)에 투자

개인투자조합에 출자한 금액을
조합이 벤처기업에 투자

투자금액	소득공제
3,000만원 이하	100%
3,000만원 초과 ~5,000만원 이하	70%
5,000만원 초과	30%

벤처기업에 직접 투자

법 소정 중소기업 등에 투자
(2018.1.1. 이후)

3. 공제방법

2020. 1. 1. 이후 출자 또는 투자분부터는 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도에 공제하되, 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 공제시기 변경을 신청하는 경우 신청 과세연도에 공제 받을 수 있음. (2019. 12. 31. 이전 출자 또는 투자분은 별도 신청 없이 근로자(거주자)가 선택하는 1과세연도의 근로(종합)소득금액에서 공제받을 수 있음)
≫ 한해에 2회 이상 투자하는 경우 각회분마다 연도를 선택하여 공제를 받을 수 있으나, 1회의 투자금액에 대하여 분할하여 여러연도에 공제받을 수 없음

4. 제출서류

- 출자 등 소득공제신청서
- 출자 또는 투자확인서

≫ 출자 또는 투자확인서 발급신청요령
① 근로자(개인투자조합)가 벤처기업에 직접 출자(투자)한 경우
- 투자한 벤처기업을 통하여 중소기업청 및 각 지방중소기업청에 일괄 발급신청
- 제출서류
㉠ 투자실적확인요청서(공문)
㉡ 투자 또는 출자확인서 2부
㉢ 벤처기업의 법인등기부등본 1부
㉣ 투자자명세표 1부
㉤ 주금납입증명서(투자자 개인별명세표 첨부) 1부

② 투자조합 및 벤처기업증권투자신탁 수익증권에 투자한 경우
- 투자조합관리자(투자회사) 및 증권투자위탁회사에게 확인서 발급신청
- 별도 제출서류 없음
≫ 자세한 내용은 중소기업청 사이트 참조(www.smba.go.kr)

5. 공제세액의 추징

	(1) 추징사유
	소득공제를 받은 근로자(거주자)가 출자일 또는 투자일로부터 3년(2011년까지 출자 또는 투자한 경우 5년)이 경과되기 전에 다음과 같은 사유가 발생한 경우 ① 출자지분ㆍ투자지분을 이전하거나 회수하는경우 ② 벤처기업투자신탁의 수익증권을 양도하거나 증권투자신탁업법에 의한 위탁회사가 당해 수익증권을 환매하는 경우
	(2) 추징제외사유
	① 출자자 또는 투자자의 사망 ② 해외이주법에 의한 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우 ③ 천재지변으로 재산상 중대한 손실이 발생하는 경우 ④ 중소기업창업투자조합, 신기술사업투자조합, 기업구조조정조합 또는 증권투자신탁업법에 의한 위탁회사가 해산하는 경우
	(3) 투자조합관리자 등의 출자지분등 변경통지의무
	추징사유가 발생한 경우 투자조합관리자등은 '출자지분등 변경통지서'를 당해 거주자가 소득공제를 신청한 원천징수 의무자·납세조합 또는 납세지관할세무서장에게 제출하여야 함 다만, 원천징수의무자의 휴업·폐업, 납세조합의 해산, 근로자의 퇴직, 사업소득만 있는 자의 휴업·폐업한 경우에는 '출자지분등 변경통지서'를 납세지관할세무서장에게 제출
	(4) 추징세액
	출자지분 등 변경통지서를 제출받은 원천징수의무자·납세조합 또는 납세지 관할세무서장은 지체없이 당해 거주자가 공제받은 소득금액에 대한 세액(출자지분 또는 투자지분의 이전·회수나 수익증권의 양도·환매와 관련된 분에 한함)에 상당하는 금액을 추징해야 함

6. 공제 참고

① 소득세법시행령 제98조 제1항 또는 법인세법시행령 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 벤처기업육성에관한특별조치법에 의하여 벤처기업에 출자하는 경우도 투자조합출자등 소득공제를 받을 수 있음
② 중소기업창업투자조합 출자등에 대한 소득공제와 관련하여 무상증자 받은 주식을 출자일 또는 투자일로부터 5년이 경과되기 전에 처분하는 경우에는 이미 공제 받은 분에 해당하는 세액을 추징함(서일46011-11158, 2003.8.26)
③ 기업구조조정조합이 결성되어 해산시까지 투자실적이 없는 경우 조특법 16조의 규정에 의한 소득공제를 적용 받을 수 없음(서일 46011-10978, 2003.7.22)
④ 부품·소재전문투자조합이 출자된 출자금 총액 중 일부만을 부품·소재전문기업에 투자한 경우에도 거주자가 당해 조합에 출자한 전체금액을 출자금액으로 보아 소득공제액을 계산함(서일46011-11754, 2003.12.4)
⑤ 출자자가 되는 시점은 그 조합결성총회에서 조합이 성립된 날로 함(법인46012-173, 2001.1.18)
⑥ 벤처기업 확인 전에 설립한 법인이 출자하는 경우는 소득공제 대상이 아님(법인46012-696, 2000.3.14)
⑦ 벤처기업 투자신탁의 수익증권계좌를 둘 이상 가입한 경우 소득공제를 계좌별로 구분하여 과세연도를 달리하여 적용 받을 수 없음(소득46011-2888, 1998.10.7)
⑧ 벤처기업에 투자한 후 출자한 날로부터 5년이 경과하기 전에 당해 연도 총출자금액 중 일부를 이전(회수)한 경우에도 잔여 출자(투자)금액이 소득공제 받은 출자금액 보다 많은 경우에는 소득공제 받은 금액에 상당하는 세액을 추징하지 않음(법인46013-166, 2001.1.17)
⑨ 추징제외사유 중 조특령14⑧ 3호에 규정하고 있는 기업구조조정조합이 해산하는 경우라 함은 동 조합의 조합규약에 따라 존립기간 만료전에 해산하는 경우를 포함함(제도46011-12440, 2001.7.28)

7. 농어촌특별세(2017년 1월 1일 부터는 농어촌특별세 비과세로 면제)

투자조합출자 등 소득공제를 받은 경우 (소득공제전 산출세액 - 소득공제후 산출세액)×20%에 해당하는 농어촌특별세를 납부해야 함
※ 농어촌특별세는 별도로 납부하지 않고 소득세와 함께 납부하며, 농어촌특별세의 과오납 등으로 인하여 환급할 세액이 발생한 경우에는 소득세와 같은 방법으로 조정하여 환급하고, 소득세가 환급세액이 발생하고 농어촌특별세가 납부세액이 발생한 경우에는 원천징수이행상황신고에서 조정하고 차액만 납부 또는 환급함

※ 계산사례

Q. 벤처기업육성에 관한특별조치법에 의한 벤처기업에 2010년도 중에 1,000만원을 투자하여 전액 소득공제를 받아 과세표준이 6,000만원인 근로자가 납부할 농어촌특별세는 얼마인가?

A. 계산식 = (①-②) × 20%

① 투자조합소득공제를 적용하지 않고 계산한 산출세액 투자조합출자 소득공제금액 10,000,000 × 10% = 1,000,000원 소득공제 전 과세표준은 6,100만원(6,000만원+100만원) 이므로 산출세액은 61,000,000원 × 24% - 5,220,000원 = 9,420,000원

② 투자조합소득공제를 적용하여 계산한 산출세액 60,000,000원 × 24% - 5,220,000원 = 9,180,000원

③ 농어촌특별세 과세표준(①-②) : 9,420,000원 - 9,180,000원 = 240,000원 240,000 × 20%(세율) = 48,000원

납부할 농어촌특별세액 : 48,000원